隨著食用菌生產的發展，病蟲害也逐漸嚴重，各種病蟲害通過多種途徑侵染食用菌制種和栽培的各個環節。輕者造成食用菌減產，一般減產20～30%；重者無收，使栽培全部失敗。因此，掌握病蟲害的發生規律，找出有效的防治方法，是食用菌生產中急待解決的問題。

病蟲害的侵染一般有3個渠道侵染食用菌：出培養料和覆土帶入菇房，尤其用生料栽培；自然傳播，在食用菌制種和栽培管理中，由于環境差和消毒不好引起；菌種帶菌，使用的母種、原種、栽培種混有雜菌和病蟲。食用菌生產中污染培養料及菌絲體的雜菌有毛霉、木霉、青霉、曲霉、脈孢霉等。為害子實體的病害有由毛霉引起的平菇毛霉病；由青霉引起的平菇青霉病；由病毒顆粒引起的病毒病；及由粘菌引起的粘液病等。為害平菇的害蟲主要有平菇厲眼蚊、平菇尖須夜蛾、星狄夜蛾、菇螨及跳蟲等。對病蟲害的防治應采取預防為主，綜合防治的措施。

     ⑴選用新鮮、干燥、無霉變的原輔材料，使用前原料經曝曬2～3天，如能采用先堆制發酵，后高壓滅菌的雙重處理，則能更有效地防止病蟲的發生和為害。

    ⑵保持菇房及四周經常性清潔衛生，菇房使用前必須清除干凈殘留的培養料、垃圾等污染源，并用10%的石灰水或波爾多液涂刷墻壁、棚頂及床架，也可用2%～3%甲醛液噴霧；再噴0.4%敵敵畏或0.2%樂果液，以殺滅害蟲。

    ⑶接種時加大播種量，一般以增加15%～20%為宜，讓平菇菌絲迅速生長占滿料面，可抑制雜菌的發生。

    ⑷加強管理，調控好溫濕度，特別是在發菌期，空氣相對濕度應控制在60%左右，溫度不超過28℃，盡量創造一個有利平菇生長發育而不利病蟲發生和繁殖的生態條件。平菇在不良環境下易形成各種畸形菇，畸形的類型有蓋小高腳型、蓋小珊瑚型、蓋小柄粗型、無蓋光桿型、蓋皺柄粗型、皺縮干枯型等。發生原因主要是：當光照不足，溫度偏低；或在栽培中草簾蓋得太厚和一直不揭膜，通風不良，二氧化碳積累過多，都容易產生高腳型子實體。當溫度偏高，濕度偏低（培養料的含水量和菇房的空氣相對濕度都偏低）或沒有及時噴水等，都極容易產生蓋不皺縮干枯型。在子實體分化形成期，遇上23℃以上的高溫或長期在較高溫度下，物質代謝受阻，營養物質輸送不到菌蓋，容易產生蓋小柄粗（呈水脹狀）的畸形菇。此外，在栽培上選用質量差的塑料薄膜作覆蓋材料，當膜內凝結的水滴滴落到子實體時，會出現菌蓋著色的畸形菇。預防畸形菇的發生，也應采取綜合性的生態防治，如合理安排栽培季節，選好質量較好的薄膜或地膜作覆蓋材料。出菇期根據所栽培品種的溫型，調控適宜的溫度條件，珊瑚期后，空氣相對濕度調至90%，但不能高于95%，防止菌蓋變色腐爛。當二氧化碳濃度超過0.06%時，就會抑制菌蓋的生長。因此，要加強通風換氣，一般以人在菇房無壓抑感為度，通風后要噴水補濕，讓子實體從空氣中吸收水分 。