食用菌生產離不開消毒和滅菌，雖然大多數的食用菌生產者經常提起消毒和滅菌這兩個詞，但是其中有一部分食用菌生產并不是很清楚消毒和滅菌的區別。

消毒：是指殺死病原微生物、但不一定能殺死細菌芽孢的方法。

在食用菌生產中消毒主要是針對環境和物品進行的，比如接種室、培養室、接種工具、菌種袋表面等，主要消毒的方法有藥物、紫外線、臭氧三種，從消毒的定義可以看出消毒所達到的無菌是相對的無菌，只是殺死了或抑制了對生產有影響的微生物，而細菌芽孢和真菌的孢子仍舊具有活力。

滅菌：采用強烈的理化因素使任何物體內外部的一切微生物永遠喪失其生長繁殖能力的措施

在食用菌生產中滅菌主要是指培養基滅菌，即熟料栽培方式培養基的滅菌，主要采用高壓滅菌和常壓滅菌兩種方式，從滅菌的定義可以看出來滅菌達到的無菌是絕對的無菌，通過滅菌達到殺死培養基中全部微生物的目的。

驗證：用微生物檢測的方法在消毒的環境中是可以檢測到“活”的微生物，而滅菌的培養基中則不能檢測到“活”的微生物。

在食用菌生產中，針對同一環境消毒的方法是多樣的，可以是一種，也可以是幾種，比如先使用藥物，再使用紫外線，多種方法的同時或者交替使用更容易達到理想的效果。

凈化既不是消毒、也不是滅菌。

凈化室（無塵室）：指將一定空間范圍內之空氣中的微粒子、有害空氣、細菌等之污染物排除，并將室內之溫度、潔凈度、室內壓力、氣流速度與氣流分布、噪音振動及照明、靜電控制在某一需求范圍內，而所給予特別設計之房間。

可以看出，凈化在食用菌生產中是達到和消毒一樣的目的，并代替消毒，相比較消毒，凈化對人體健康沒有任何影響，因為凈化采用的是物理過濾的方式，不需要任何的藥物和化學物質。